O Caminho original não passa pelos locais de Atapuerca, mas existe uma variante paralela à estrada que foi concebida especificamente para os peregrinos que querem visitar as grutas. A Serra de Atapuerca, mais devido à sua superfície de estrada do que à sua altura, é muitas vezes difícil para os ciclistas.

     A entrada para Burgos é por uma longa estrada direita através do parque industrial da cidade. Aqueles que preferem evitá-lo podem atacar a chegada à capital a partir de Castañares, através de um passe sobre as margens do Arlanzón.

    A saída de Agés (515 quilómetros para Santiago) é através da estrada que atravessa a cidade. Deixa uma pequena área de piquenique com alguns baloiços à sua esquerda, de onde já pode ver a cidade de Atapuerca, o seu próximo destino. Após dois quilómetros e meio de caminhada ao longo da estrada local (bem pavimentada e pouco movimentada com veículos, mas sem abrigo), vários sinais (um deles, o centro de receção de visitantes) informam o peregrino que está prestes a entrar em Atapuerca (16,5 quilómetros até Burgos).

    Os locais paleontológicos, sem dúvida um dos mais importantes e famosos do planeta, estão um pouco afastados da aldeia. O Caminho de Santiago não passa pelas grutas (é por isso que a outra variante foi feita). Deixar Atapuerca pode ser um pouco confuso, já que alguns dos sinais não são tão claros como deveriam ser. Continuar pela mesma estrada que levou à aldeia quase até ao fim. Do lado esquerdo há uma estátua de um peregrino. Siga este sinal.

     Ao longo de um caminho de terra batida deixa uma zona de piquenique do lado direito. O percurso começa a aumentar até se chegar a uma confusão de sinais. Uma seta amarela aponta para a direita. Outro, à esquerda. No meio, um sinal que proíbe a passagem a qualquer pessoa que não seja militar. Não há mais nada à vista.

    O peregrino deve tomar o caminho à direita e contornar parte da área militar, deixando a cerca de arame farpado à esquerda. A outra seta aponta para cima durante algumas centenas de metros até o caminho entrar numa área militar. Um novo sinal vermelho torna isto claro. No entanto, apenas no acesso, um novo sinal oficial do Caminho de Santiago convida o peregrino a continuar. Apesar de ser a Via original, e do facto de os vizinhos e peritos da área assegurarem que neste recinto não são realizadas práticas de tiro ao alvo, não é recomendado.

     Neste momento começa o assalto à Serra de Atapuerca. Tanto a superfície da estrada como a inclinação da subida tornam-se mais complicadas à medida que os contadores vão passando. No início é terra com pedras, depois pedras com terra até se transformar em degraus de pedra. No topo da colina, a cruz de Matogrande domina uma grande esplanada. Continuar em frente. Deixa atrás de si uma representação de círculos concêntricos de pedras.

     No início da descida pode desfrutar das vistas de Burgos. "Desde que o peregrino dominou as montanhas de Navarra em Burguete e viu os vastos campos de Espanha, não tem desfrutado de uma vista mais bela como esta". Certamente quando Luciano Huidobro escreveu estas belas palavras, não havia nenhuma pedreira que se esgueirava para o lado direito da fotografia. A descida é complicada. As rampas não são excessivamente íngremes, mas a combinação constante de pedras irregulares complica a situação.

     Uma vez abatido, deixa-se finalmente a vedação de arame que marca a fronteira entre o civil e o militar. O peregrino entra num terreno mais confortável. Chega-se a outra encruzilhada que pode causar confusão. Do lado esquerdo, em direcção a Villalval, com uma fonte a um quilómetro de distância, embora a aldeia esteja um pouco mais longe.

    Um troço com terreno favorável até à estrada local que liga as cidades de Cardeñuela-Riopico (13,5 quilómetros até Burgos) e Orbaneja de Riopico, onde é possível recuperar forças antes dos últimos quilómetros até Burgos. Orbaneja de Riopico tem uma padaria, um bar com terraço e uma casa de campo. Quando o atravessar, vire à direita e atravesse uma ponte sobre a linha ferroviária. Um parque habitacional é deixado à direita até outro cruzamento, onde o peregrino terá de escolher como atacará a entrada de Burgos. Alguns recipientes servem como referência.

     A rota mais autêntica é a que entra através do parque industrial Gamonal. É um imenso troço reto de quatro quilómetros que é acedido depois de contornar o aeroporto. Aqueles que escolhem este caminho devem ter em mente que devem ir pela esquerda, uma vez que a calçada é mais transitável. Para aqueles que preferem poupar estes quilómetros, no Hotel Buenos Aires, em frente à estação de serviço, há a possibilidade de entrar num autocarro da cidade que deixará o peregrino às portas da cidade.

    Embora os puristas desaconselhem, nos últimos anos está a ganhar terreno a entrada em Burgos pela variante de Castañares. A seu favor, joga que os últimos quilómetros são feitos através de um parque. Quem optar por esta estrada, um quilómetro mais longa do que a Gamonal, deve virar à esquerda no ponto dos contentores.